La Autoridad Portuaria de Castellón (APC) realiza un seguimiento periódico de la calidad de las aguas portuarias y sedimentos siguiendo las directrices establecidas por la Directiva Marco del Agua y las recomendaciones fijadas por OPPE, en concreto la ROM 5.1-13.

Se dispone de un contrato para la limpieza y correcta gestión de los residuos flotantes presentes en la lámina de agua, así como un convenio de colaboración para la actuación y lucha contra la contaminación marina accidental. En caso de emergencia en las aguas portuarias existen procedimientos de actuación y planes interiores marítimos de las empresas prestatarias de servicios, de las instalaciones portuarias y el plan interior marítimo general de Puerto de Castellón que se activarían según necesidades y ámbito de actuación.